小腸包括十二指腸、空腸和迴腸，佔據了整個腸胃道總長度的75%，約有6至7公尺長(圖一)，然而小腸疾患卻只佔所有腸胃道疾病的不到10%。舉例來說，小腸惡性腫瘤佔腸胃道癌症約只有0.2%，而小腸出血也只佔消化道出血原因不及5%，雖說小腸疾病之發生率相對較低，有時候一般胃鏡與大腸鏡都無法診斷不明原因之腹痛，也可能是小腸出了問題。且通常診斷都需要花一些時間而造成治療延遲，小腸疾病一旦發生了，對於病患與臨床醫師來說，不論診斷或是治療上都是一大挑戰，也因此在過去，小腸被稱之為腸胃道之「黑暗大陸」。
  在過去缺乏先進內視鏡儀器的年代，只能利用「小腸鋇劑攝影」或「電 腦斷層」來診斷小腸疾病，除了診斷率低的缺點之外，最後的確診與治療仍需要外科手術的介入。然而，近年來隨著內視鏡科技的進展，問題已經不再是絕對的外科疾病。最早1980年代的推入式小腸鏡雖解決了部分診斷困難的問題，但插入的深度對於整個小腸的鏡檢仍然是不足的。2001年左右，膠囊內視鏡開始進入臨床應用，對全小腸非侵入性檢查而言是極重要的里程碑，不過美中不足的是，對於無法吞嚥、腸阻塞、胃腸道憩室或裝有心臟節律器患者卻無法適用。此外，也無法取得組織檢體來確診或針對病灶局部內視鏡治療，這些缺點在2001年以後都將被氣囊輔助小腸內視鏡克服。

   氣囊輔助小腸內視鏡包括：單囊小腸內視鏡以及雙囊小腸內視鏡，其原理都是藉由氣囊撐開後與小腸壁接觸的固定力量，配合內視鏡之推入-拉回動作，將遠端之小腸套入內視鏡以利觀察，雙囊小腸內視鏡是最早發展與應用的氣囊輔助式小腸內視鏡，在2001年日本山本博德醫師首先將其應用於臨床小腸疾病之內視鏡診斷；接著，又有單囊小腸內視鏡之發展，以及2007年左右發展的螺旋式小腸內視鏡，基本原理也是利用螺旋狀突起物與小腸壁接觸之固定力量，來做深部小腸之內視鏡插入檢查；各種之小腸內視鏡都有其檢查效力上的優缺點，包括：小腸檢查之深度、檢查準備之時間以及診斷與治療效力之不同。然而，儘管氣囊輔助式小腸內視鏡可以增加插入之深度，利用內視鏡做「整段小腸」之鏡檢仍有相當之難度，部分之小腸疾病仍可能無法用內視鏡檢查與治療。

  小腸疾病種類眾多，大致上分為良性與惡性，前者包括：小腸炎、微生物感染、腸沾黏或套疊、小腸內異物阻塞、平滑肌瘤、血管異常增生、多發性息肉疾病(皮傑氏症候群)、發炎性腸道症(克隆氏症)、麩質過敏症或稱乳麋瀉等，而惡性包括有小腸腺癌、類癌、淋巴癌、惡性肉瘤等等，而小腸疾病之臨床症狀表現並沒有特別專一性，有可能和其他腸胃道疾病有類似的表現，例如：排便習慣或顏色改變、脂肪瀉、不明腹痛、吸收不良體重下降，因此其診斷常需要花一段時間，或其他檢查排除其他常見腸胃道疾病後才可能確診，建議若有診斷不明確之腸胃道疾病，仍應該就診胃腸專科醫師，並利用先進之小腸內視鏡技術來排除可能的小腸疾病。