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功能性消化不良是肝膽胃腸科一項常見的胃部問題。曾經有台北市某家醫學中心統計台灣成年人出現消化不良的盛行率接近25%，其中又高達八成的患者接受胃鏡檢查後無法診斷明確的疾病可以解釋症狀。如此推測可能每五個成年人當中就有一位是功能性消化不良的患者。
這個疾病的最正確診斷必須要經過胃鏡和腹部超音波檢查後，沒有重要的異常發現才能決定。然而，醫師在診間處理此問題不一定會立刻建議安排胃鏡檢查，除非有所謂的警示症狀或癥象例如：吐血或排便顏色呈現黑色、吞嚥困難、外觀明顯貧血等，這樣會比較需要儘快做胃鏡檢查。因此病人通常會服用藥物一段時間，如果在半年之內經常症狀發作，則比較需要透過胃鏡檢查病因。根據國外研究統計，此疾病在真正診斷以前絕大多數患者會經歷約六個月的就醫時間。至於腹部超音波檢查的功能是要看有無膽囊、膽管和胰臟這些器官的病理問題。舉例而言，膽囊結石是很常見的消化疾病，飯後開始需要大量膽汁流出時，如果有膽結石的存在可能對膽囊出口形成暫時性妨礙而發生悶痛症狀，這在臨床上最容易與飯後的胃痛、胃脹互相混淆。而膽管如果有慢性結石存在或是造成阻塞的疾病，例如：先天性的膽管囊腫(choledochocyst)也會帶來上腹疼痛的症狀，至於胰臟器官則可能有慢性胰臟炎的問題同樣造成病人上腹部痛，因為胰臟的位置恰好在胃部的下面，兩者的疼痛表現有時候極為相似。
關於腹部疼痛病的病因則有七種解釋
* 不正常的胃蠕動速率
* 胃壁內層神經接收過度敏感
* 個人基因體質因素
* 胃幽門螺旋桿菌的感染
* 近期罹患過急性腸胃炎
* 心理壓力因素
* 特殊環境或食物的
如果此疾病經常復發，尤其是腹脹的病患可以考慮檢驗有無胃幽門螺旋桿菌的感染，但是如果不符合健保局規定，就需要採用自費項目，例如：執行胃鏡時候的快速尿素酶測試 (rapid urease test)或是同位素碳13呼吸吹氣法。如果確診後則建議抗生素治療，目前三種藥物組合滅菌的成效大約可達85%。
臨床上有一種少見的情形是病患處在非常早期的慢性胰臟炎變化階段，症狀就如同功能性消化不良，但是服用藥物卻效果不佳。此時可以藉由內視鏡超音波儀器評估是否有初期慢性胰臟炎，如果符合診斷則建議補充胰臟酵素才會有較理想的藥物反應。
功能性消化不良的最大問題是胃的自律神經發生失調，不過人體從口腔開始的消化路徑是一套連貫的系統，因此其他地方也可能會有神經不協調的狀況。近幾年來醫學研究的觀念逐漸將胃食道逆流症，功能性消化不良和腸躁症這三者的疾病發生原因歸納出相通之處。那就是食道、胃部和腸子的自律神經所掌控肌肉收縮節奏不規律，還有加上基因因素和生活飲食的狀態。如此一來會增加解決疾病症狀的困難度。譬如同時具有胃酸逆流到口腔，胸口灼熱感，上腹部中間飯後不舒服，容易長期便秘或每日排便呈現太軟太稀，上述這麼多的症狀在經驗上很可能都是食道、胃與腸子的自律神經功能失調所造成。
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